marimo.vox

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.18.3%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20from%20ipyniivue%20import%20NiiVue%2C%20ShowRender%0A%20%20%20%20import%20ipywidgets%20as%20widgets%0A%20%20%20%20return%20NiiVue%2C%20ShowRender%2C%20mo%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Voxel%20statistics%0A%0A%20%20%20%20This%20Python%20script%20illustrates%20the%20ability%20to%20load%20a%20statistical%20map%20on%20top%20of%20an%20anatomical%20scan.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(NiiVue%2C%20ShowRender%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20nv%20%3D%20NiiVue(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20back_color%3D(1%2C%201%2C%201%2C%201)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_3d_crosshair%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20is_colorbar%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20multiplanar_show_render%3DShowRender.ALWAYS%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20nv.load_volumes(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B'url'%3A%20'https%3A%2F%2Fniivue.com%2Fdemos%2Fimages%2Fmni152.nii.gz'%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B'url'%3A%20'https%3A%2F%2Fniivue.com%2Fdemos%2Fimages%2FspmMotor.nii.gz'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22colormap%22%3A%20%22warm%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22colormap_negative%22%3A%20%22winter%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cal_min%22%3A%205%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cal_max%22%3A%207%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cal_min_neg%22%3A%20-7%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cal_max_neg%22%3A%20-5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20nv.volumes%5B0%5D.colorbar_visible%20%3D%20False%0A%20%20%20%20nv.opts.is_alpha_clip_dark%20%3D%20True%0A%20%20%20%20nv.overlay_outline_width%20%3D%201%0A%20%20%20%20nv.set_interpolation(True)%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20User%20interface%0A%0A%20%20%20%20def%20on_neg_stat_change(values)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Set%20threshold%20for%20statistical%20overlay.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv.volumes%5B1%5D.cal_min_neg%20%3D%20-values%5B1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv.volumes%5B1%5D.cal_max_neg%20%3D%20-values%5B0%5D%0A%0A%20%20%20%20range_neg_stat%20%3D%20mo.ui.range_slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%5B5%2C%207%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22-Threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Don_neg_stat_change%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20def%20on_pos_stat_change(values)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Set%20threshold%20for%20statistical%20overlay.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv.volumes%5B1%5D.cal_min%20%3D%20values%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv.volumes%5B1%5D.cal_max%20%3D%20values%5B1%5D%0A%0A%20%20%20%20range_pos_stat%20%3D%20mo.ui.range_slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%5B5%2C%207%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%2BThreshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Don_pos_stat_change%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20slider_outline%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D4%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Outline%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%3A%20setattr(nv%2C%20%22overlay_outline_width%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mode_options%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Restrict%20colorbar%20to%20range%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Colorbar%20from%200%2C%20transparent%20subthreshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Colorbar%20from%200%2C%20translucent%20subthreshold%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20on_mode_change(value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Handle%20alpha%20mode%20dropdown%20changes.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20idx%20%3D%20mode_options.index(value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv.volumes%5B1%5D.colormap_type%20%3D%20idx%0A%0A%20%20%20%20drop_mode%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dmode_options%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dmode_options%5B0%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Mode%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Don_mode_change%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20Display%20user%20interface%20and%20volumes%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Brange_neg_stat%2C%20range_pos_stat%2C%20slider_outline%2C%20drop_mode%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A

niivue examples

Demo: vox

← Prev Index Next →