marimo.mesh

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.18.3%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20from%20ipyniivue%20import%20NiiVue%2C%20ShowRender%0A%20%20%20%20import%20ipywidgets%20as%20widgets%0A%20%20%20%20return%20NiiVue%2C%20mo%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Mesh%20Layers%0A%0A%20%20%20%20This%20Python%20script%20demonstrates%20showing%20meshes%20with%20overlays.%20Notice%20that%20the%20cortical%20mesh%20has%20a%20reduced%20opacity%2C%20allowing%20you%20to%20visualize%20the%20underlying%20subcortical%20mesh.%0A%0A%20%20%20%20The%20interactive%20controls%20allow%20you%20to%20explore%20different%20methods%20to%20observe%20meshes%20that%20might%20be%20obscured%20by%20other%20methods.%20One%20can%20use%20a%20shader%20like%20%60outline%60%20to%20hide%20parts%20of%20a%20mesh%2C%20adjust%20transparency%2C%20or%20use%20the%20%60XRay%60%20method.%0A%0A%20%20%20%20This%20script%20also%20highlights%20an%20important%20feature%20of%20ipyniivue%3A%20image%20and%20mesh%20loading%20occurs%20asynchronously.%20As%20a%20result%2C%20the%20load_meshes()%20function%20returns%20before%20the%20dataset%20is%20fully%20ready%2C%20meaning%20we%20can%20not%20set%20properties%20for%20a%20mesh%20before%20it%20is%20created.%20To%20correctly%20configure%20the%20mesh%2C%20an%20on_mesh_loaded()%20callback%20is%20used.%20This%20event%20triggers%20once%20the%20mesh%20has%20finished%20loading%20and%20is%20ready%20for%20use.%20Although%20this%20asynchronous%20behavior%20is%20uncommon%20in%20typical%20Python%20workflows%2C%20it%20ensures%20the%20web%20interface%20remains%20responsive%20during%20file%20loading.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(NiiVue%2C%20mo)%3A%0A%0A%20%20%20%20nv%20%3D%20NiiVue(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_3d_crosshair%3DTrue%2C%20back_color%3D(1%2C%201%2C%201%2C%201)%2C%20is_colorbar%3DTrue%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20nv.opts.show_legend%20%3D%20False%0A%0A%20%20%20%20mesh_layer%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22url%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fniivue.com%2Fdemos%2Fimages%2FBrainMesh_ICBM152.lh.motor.mz3%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22cal_min%22%3A%200.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22cal_max%22%3A%205.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22use_negative_cmap%22%3A%20True%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20nv.load_meshes(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22url%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fniivue.com%2Fdemos%2Fimages%2FBrainMesh_ICBM152.lh.mz3%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22layers%22%3A%20%5Bmesh_layer%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22url%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fniivue.com%2Fdemos%2Fimages%2FCIT168.mz3%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%40nv.on_mesh_loaded%0A%20%20%20%20def%20on_mesh_loaded(volume)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv.meshes%5B1%5D.colorbar_visible%20%3D%20False%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20User%20interface%0A%20%20%20%20slider_opacity%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Opacity%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%3A%20nv.set_mesh_layer_property(nv.meshes%5B0%5D.id%2C%200%2C%20%22opacity%22%2C%20v%20*%200.1)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20slider_xray%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D30%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22XRay%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%3A%20setattr(nv.opts%2C%20%22mesh_xray%22%2C%20v%20*%200.01)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20drop_shader%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dnv.mesh_shader_names()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22Phong%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Shader%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%3A%20nv.set_mesh_shader(nv.meshes%5B0%5D.id%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20def%20on_alpha_change(value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20idx%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20value%20%3D%3D%20%22Opaque%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20nv.meshes%5Bidx%5D.opacity%20%3D%201.0%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20value%20%3D%3D%20%22Translucent%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20nv.meshes%5Bidx%5D.opacity%20%3D%200.2%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20value%20%3D%3D%20%22Transparent%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20nv.meshes%5Bidx%5D.opacity%20%3D%200.0%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv.draw_scene()%0A%0A%0A%20%20%20%20drop_alpha%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22Opaque%22%2C%20%22Translucent%22%2C%20%22Transparent%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22Opaque%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Opacity%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Don_alpha_change%2C%20%20%20%23%20%E2%86%90%20no%20parentheses!%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%23%23%20Display%20user%20interface%20and%20meshes%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bslider_opacity%2C%20slider_xray%2C%20drop_shader%2C%20drop_alpha%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A

niivue examples

Demo: mesh

← Prev Index Next →